El Museo de Arte Sacro de Nuestra Señora de la Peña ha conseguido por un lado la conservación de obras religiosas, de gran valor artístico , que Ágreda posee, y que por distintas circunstancias hoy no ocupan su lugar original, y por otro lado ha conseguido la exposición de dichas piezas de forma que sean accesibles al público para su conocimiento y disfrute.

En esta Iglesia se desposó Jaime I el Conquitador con Dª Leonor de Castilla.

Entre otras piezas destacaríamos: El Cristo del Buen Consejo, El Retablo del XVIII, anónimo de Nuestra Sra. de la Peña, La talla en madera de pino policromada de la Virgen de la Peña, la Trinidad como estado de Gracia...