De traza románica, es la iglesia más antigua conservada en Ágreda y fué consagrada en 1.193. Su peculiaridad radica en el hecho de poseer dos naves, ambas cubiertas por bóveda de cañón apuntado, siendo, por tanto, uno de los escasos ejemplos de templo románico con doble nave. Fué reformada y ampliada en los siglos XV y XVI en estilo gótico final, período al que corresponden las capillas laterales y las capillas mayores.
Desde 2002 la iglesia de Nuestra Sra. de la Peña acoge el Museo de Arte Sacro de la comarca con un doble objetivo: conservar nuestro patrimonio y brindar la oportunidad de su disfrute a todo aquél que desee adentrarse en él.

Entre las muchas obras que aquí se exponen, destacamos las siguientes: la talla románica de la Virgen de La Peña, la pila bautismal románica con arcos entrelazados y de una sola pieza, el retablo anónimo de Nuestra Sra. de la Peña del S.XVIII, las dos magníficas predelas del siglo XV, una tabla con la Trinidad del siglo XV, el retablo de la Virgen del Rosario, ...